苏州大学附属儿童医院创建于1959年，由国内着名儿科陈务民、彭大恩、何馥贞等在原苏州医学院附属医院儿科基础上独立组建，隶属于江苏省卫生和计划生育委员会，是一所集医教研防为一体的前几名儿童专科医院。
经过50余年的发展，苏州大学附属儿童医院拥有总院和景德路两个院区。总院位于美丽的金鸡湖东畔，占地面积近6万平方米，一期工程建筑面积13.3万平方米，已于2015年6月1日正式启用。景德路院区位于姑苏古城中心区域，环抱遂园，占地面积1.8万平方米，建筑面积4.5万平方米。医院现有职工近1700余名，开放床位1158张。
医院作为江苏省儿科类紧急医学救援基地，江苏省首批“新生儿危急重症救治指导中心”，苏州市危重新生儿救治中心，市新生儿急救分站，市儿童创伤救治中心建设单位。全面承担了苏州及周边地区急、危、重、疑难儿童的救治任务，为江苏省、苏州市儿童缓解保健事业的发展作出了重要贡献。2017年全院完成门急诊总量近215.1万人次，出院病人5.1万余人次，手术近1.49万人次。
经过多年发展，医院科室设置齐全，专科发展迅速。现拥有26个临床专业科室，6个医技科室，涵盖儿科诸领域。血液内科、新生儿科、小儿骨科、小儿普外科、小儿肾脏内科、小儿神经内科、小儿心血管内科、小儿呼吸内科、小儿传染科、小儿内分泌科、小儿泌尿外科、急诊医学科为江苏省临床重点专科，医学检验科为江苏省临床重点专科建设单位，检验科、小儿消化内科、药剂科为苏州市临床重点专科，神经外科为苏州市临床重点专科建设单位。
以苏州大学儿科临床医学院为依托，医院全面推动教学设置与方法的改革和创立。目前医院是儿科学博士点、硕士点，急救医学硕士点，拥有研究生导师64名，其中博士生导师19名。每年承担本科、研究生以及海外学生的教学任务，年招收博士研究生19名，硕士研究生74名。作为儿科、儿外科、麻醉、放射、超声住院医师规范化培训基地，承担苏州大市范围内儿科医师的集中规范化培训，优先引入美国心脏协会（AHA）生命支持系列国际认证课程，年招收规培医师近140名(含四证合一)。医院作为“苏州市儿科进修学院”项目的实施单位，成功举办苏州市儿科进修学院届进修班，在苏州园区范围内共招收25名学员并顺利结业。
医院坚持“科教强院”的发展战略和构建研究型医院的发展目标。儿科学为“十三五”江苏省医学重点学科（A类），新生儿医学、儿童心脏病一体化诊疗中心是江苏省妇幼健康重点学科。依托医院建有苏州市小儿内科临床医学中心、苏州市小儿准确外科临床医学中心（建设项目）；小儿呼吸科学、小儿心血管病学和感染性学是苏州市医学重点学科。拥有苏州大学儿科临床研究院、江苏省卫生计生委转化医学基地及苏州市重点实验室6个（儿童发育脑损伤防治研究重点实验室、儿科转化医学重点实验室、儿童心脏及血管重点实验室、儿童肾脏病重点实验室、儿童白血病重点实验室及儿童呼吸病重点实验室）。近五年来,医院累计承担、省部及市厅等各级各类纵向课题360余项，其中自然科学基金项目、公益性行业科研专项等重要课题66项；获省部、市科技进步奖及省、市医学新技术引进奖112项；发表科技论文1300余篇，其中SCI论文258篇；获得授权专利60余项、计算机软件着作权2项。举办、省级继续医学教育项目近80项。
在人才重点培养、储备、引进以及人才梯队的建设方面，医院逐步培养了一支兼具医、教、研综合能力和创立意识的出众人才队伍。近五年来有省“科教兴卫工程”医学领军人才与创立团队1个， 省特聘医学2名、特聘教授1名，省医学重点人才4名，省卫生领军人才1名、卫生出众人才6名，省“333工程”培养对象7名，省“双创博士”1名，省“双创人才”1名；市姑苏“领军人才”2名；市姑苏“重点人才”7名。
医院秉承“博学、求精、协进、仁爱、感恩”的院训，坚持“关爱儿童、呵护生命”的服务宗旨，被设为“残疾孤儿手术康复明天计划”江苏省定点医院。同时医院以创建好的医院为契机，在强化内涵的同时，拓展延伸服务，被评为2015-2017年全国改善缓解服务先进典型——构建和谐关系示范医院，省、市文明单位，“平安医院”、“实施患者目标合格医院”。医院“无假日”“夜间”门诊特色服务、“千名医生走基层”被评为苏州市卫生行业文明服务品牌，“小丁青年志愿者营”公益志愿活动深受社会欢迎。