益生元被明确的制定作用于大肠菌落。
以下为已经发表结果：
减轻便秘症状
此结果已经如食用纤维的结果一样被很好的证实了。很多益生元为在大肠中发酵的碳水化合物。发酵产生肠气体来增大肠体积从而缩短了消化物在肠中的逗留时间。便秘是由消化物在肠中逗留时间太长而引起的。经过时间短了自然有助于抵抗便秘。
除此之外，许多碳水化合物可以增加肠的水分含量，酸的分泌可以刺激肠蠕动。这些同样可以减少消化物经过肠的时间。
基于对新产代谢的改变而不是刺激某种细菌，很好的结果是由包括膳食纤维在内的碳水化合物混和物获得。
降低肠pH值
该作用是由于新产代谢来自从蛋白质发酵（生成氨，高 pH ）向更多碳水化合物发酵（生成酸）的改变。一些肠道如节段性会肠炎和 IBS （急性肠道综合症）的特征都是有过高的肠 pH 值。降低 pH 从而可以降低（并非治好）这些的发生。这是有益于病人的。
低的肠 pH 值也可以刺激肠蠕动从而抵制致病细菌。益生元可降低肠道pH值，可抑制肠道腐败产物的生成，并促进肠道蠕动而促进排便。在低pH由一级胆酸转变成具有致癌性的次级胆酸的反应受到抑制，此外氨浓度的降低也有利于减少癌变(Reddy等1993，Howard等1995)。短链脂肪酸对大肠上皮细胞有营养作用，特别是丁酸不仅是结肠细胞的主要能源基质，有助于免疫细胞的育成，而且具有很强的抗细胞增生、分化的能力，研究表明，丁酸同白介素一起可使小鼠腹膜癌肿消失(pe玎in，1994)。由于肠道菌群平衡改善，肠道免疫功能增强，由菌群失调引起的腹泻可得到改善。随着肠道功能改善，肝脏功能也得以改善．一般乳酸菌发酵生成的有机酸只有乳酸，而双歧杆菌的产酸以醋酸居多，与乳酸之比达15：1，不解离的醋酸对有害菌的抑制力比乳酸更强。
益生元（Prebiotics）是这样一种物质：它是一种膳食补充剂，选择性的刺激一种或少数种菌落中的细菌的生长与活性而对寄主产生有益的影响从而改善寄主健康的不可被消化的食品成分（Gibson and Roberfroid，1995)。成功的益生元应是在上消化道时，大部分不被消化而能被肠道菌群所发酵的。重要的是它只是刺激有益菌群的生长，而不是有潜在致病性或腐败活性的有害细菌。
益生元是这样一种物质：它是一种膳食补充剂，选择性的刺激一种或几种细菌的生长与活性，而对寄主产生有益的影响，从而改善寄主健康。
对人体来说，好的益生元，在消化道时，大部分不被人体消化，而是被肠道菌群吸收。重要的是，它只是增殖对人体有益的菌群（益生菌），而不是增殖对人体有潜在致病性或腐败活性的有害菌。
通俗来说，益生元就是人体益生菌的“养料”。例如，立健的成分是异麦芽低聚糖，异麦芽低聚糖就是一种好的益生元。
益生元（Prebiotics）是指不易被消化的食品成分，选择性的刺激一种或几种细菌的生长与活性而对寄主产生有益的影响，从而改善寄主健康的物质。
益生元主要包括各种寡糖类物质（Oligosaccharides）或称低聚糖（由2～10个分子单糖组成）。更概括的说法是功能性低聚糖。